Como dice el titulo, les voy a enseñar a que cualquier aplicación se inicie con Windows, listo vamos allá...
Paso 1
Primero vamos a hacer un acceso directo del programa, ventana o aplicación y la metemos en una carpeta, de esta forma Windows iniciara todo lo que hay allí dentro.
Solo accesos Directos ya que si incluimos el programa completo nos generara un problema al iniciar todo eso.
Paso 2
Ahora vamos a ubicar nuestra carpeta a la siguiente ruta:
Windows XP
Para un solo usuario: C:\Documents and Settings\USER\Menú Inicio\Programas\Inicio
Para todos los usuarios: C:\Documents and Settings\All Users\Menú Inicio\Programas\Inicio
Donde USER es tu nombre de usuario.
He experimentado algunos problemas en la ultima opción ya que algunas aplicaciones pueden ser conflictivas... Tened esto en cuenta...
Windows Vista & Windows 7
Para un solo usuario: C:\Users\USER\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
Para todos los usuarios: C:\Users\All Users\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
Donde USER es tu nombre de usuario.
Recuerda que mientras mas programas tenga que ejecutar Windows, mas tardara en iniciar
Vídeo Explicativo.